分子蒸餾器又稱短程蒸餾，是一種相對較新的液-液分離技術，在工業生產中尚未得到廣泛應用。它的應用可以解決許多常規蒸餾技術無法解決的問題。它不同于傳統蒸餾依靠沸點差分離原理，而是靠不同的物質分子運動平均自由程的差別來實現分離。具體是當液體混合物沿加熱面流動推進時，輕、重分子會逸出液面而進入氣相，由于輕、重分子的自由程不同，因此，不同物質的分子從液面逸出后移動距離不同，恰當的碰撞中心冷凝面，則輕分子達到冷凝面被冷凝排出，而重分子達不到冷凝面沿混合液排出這樣達到物質分離的目的。